Ester Mathilda Henningföddes 28 oktober 1887 i den värmländska Bergslagen, som ett av åtta syskon i en skomakarfamilj. Efter fyra års skolgång skickades hon år 1900 som tolvåring till Mora, ensam, för att tjänstgöra som barnflicka. Men hon drömde om något mer än en tillvaro som piga och ville utbilda sig till konstnär.
1911 påbörjade hon en utbildning på Tekniska skolan i Stockholm (numera Konstfack), men kunde inte fullfölja studierna helt. Hon klarade inte att både studera och livnära sig samtidigt.
Under de lektioner hon ändå hann med studerade hon främst skulptur. Hennes skulpturer från studietiden och ett par år därefter präglas av ideal frånromantiken och jugend.
1916, i samband med en svår tid i hennes liv, fick hon ett sammanbrott och lades in på sjukhus i Stockholm. 1919 skrevs hon åter in, denna gång på Säters sjukhus. Därefter tillbringade hon resten av livet, 66 år, på olika sjukhus.
Under åren på olika institutioner tecknade hon när hon kom åt, med pennstumpar eller kolbitar, vad hon kom över, ofta undangömt på undersidan av möbler.
1936 träffade hon den nya kuratorn Janny-Lisa Clason på Beckomberga sjukhus. Av henne fick Henning äntligen olika arbetsmaterial och kunde åter fritt teckna, måla, skulptera och brodera. Ofta på fri hand, ibland med en enkel blyertsteckning direkt på tyget, broderade hon måleriskt. Hon har berättat hur hon samlade alla trådar i en stor härva och drog trådar ur den. Det var enda sättet att se alla färger, sa hon.
Ester Hennings verk ställdes för första gången ut 1946 i samlingsutställningen Schizofren konst i Göteborg, tillsammans med verk av Ernst Josephson och Carl Fredrik Hill.
Hon dog på ett sjukhus utanför Stockholm den 1 maj 1984 efter en tids sjukdom. Hennes aska fördes till familjegraven i Mora.